Geradezu ins Mittelalter abtauchen kann man im größten der Museumsgebäude beim bestehenden Museum im „Alten Rathaus“. Zu den präsentierten Ausstellungsthemen gehören u. a. die Baugeschichte des Münsters St. Maria und Markus und des Klosters, die Dichtungen des Mönchs Walahfrid Strabo, der auf der Reichenau entstandene sogenannte St. Galler Klosterplan, das Wirken des wissenschaftlich tätigen Mönchs Hermann des Lahmen und die Reliquienverehrung. Einen Schwerpunkt bildet die Darstellung der Reichenauer Buchmalerei. Die kleinen Museumsgebäude bei St. Georg und St. Peter und Paul erläutern die Baugeschichte der jeweiligen Kirche. Auch die berühmten Wandmalereien der Kirche St. Georg oder das Thema Gebetsverbrüderungen werden thematisiert.
